Карл Джонсон по прозвищу «CJ» (сокращение от его имени, англ. Carl Johnson) — главный герой игры. Один из лидеров афроамериканской уличной банды «Grove Street Families» в городе Лос Сантос. После гибели своего младшего брата Брайана в 1987 году, Карл покидает Лос Сантос и переезжает в Либерти Сити. Там он работает на Джоуи Леоне, сына Сальваторе, босса мафиозной семьи Леоне.
В 1992 году Карл возвращается в родной город, узнав от своего старшего брата Шона «Свит» Джонсона (англ. Sean «Sweet» Johnson) об убийстве матери. CJ решает остаться на западном побережье, а не возвращаться обратно после похорон матери. Сюжет игры построен на его попытках восстановить жизнь, которую он оставил пять лет назад. Карл помогает вернуть былое могущество своей старой банде.
Он также работает на несколько независимых бизнес-предприятий, и находит новых друзей и партнеров. Как главный герой, Карл сталкивается с драматическими событиями: арест и заключение в тюрьму родного брата Свита, предательство друзей детства Биг Смоука и Райдера, "разложение" окружающих и самих членов банды от наркотиков.